A microwave-based method for the synthesis of carbon xerogel spheres
 Carbon xerogel spheres with millimeter-scale diameters were synthesized by a simple process using microwave radiation as the heating source. Using this type of heating it is possible to establish the gelation point of different resorcinol–formaldehyde solutions and stop the gelation step of the material at the exact time of gelation. Organic gel spheres can then be directly obtained by stirring in a silicone bath at 80 °C. Finally, carbonization is performed to obtain carbon xerogels with a spherical shape. The size and porous texture of the spheres can be controlled by adjusting the synthesis conditions.

A microwave-based method for the synthesis of carbon xerogel spheres

 Carbon xerogel spheres with millimeter-scale diameters were synthesized by a simple process using microwave radiation as the heating source. Using this type of heating it is possible to establish the gelation point of different resorcinol–formaldehyde solutions and stop the gelation step of the material at the exact time of gelation. Organic gel spheres can then be directly obtained by stirring in a silicone bath at 80 °C. Finally, carbonization is performed to obtain carbon xerogels with a spherical shape. The size and porous texture of the spheres can be controlled by adjusting the synthesis conditions.

Tags: carbon gels

So far so close pareidolia.
DFT geometry optimization of cobaltabisdicarbollide [Co-3-(1,2-C2B9H11)2]- anion structure using  b3lyp/6-31+g(d,p) hybrid functional. The transparent balls and sticks model  is rendered using the diamond index of refraction (2.4)  for the objects and superimposed on a Fornax A image. This picture is the front cover for the Volume 41 Issue 9 of Chem Soc Revs (2012)
Background Image of Fornax A licensed for use under the Creative Commons Attribution 3.0 from National Radio Astronomy Observatory (NRAO), Associated Universities, Inc. (AUI) and J. M. Uson. Image composition original idea: M. Lepsik. Design (Povray): Emilio J. Juarez-Perez.

So far so close pareidolia.


DFT geometry optimization of cobaltabisdicarbollide [Co-3-(1,2-C2B9H11)2]- anion structure using  b3lyp/6-31+g(d,p) hybrid functional. The transparent balls and sticks model  is rendered using the diamond index of refraction (2.4)  for the objects and superimposed on a Fornax A image. This picture is the front cover for the Volume 41 Issue 9 of Chem Soc Revs (2012)

Background Image of Fornax A licensed for use under the Creative Commons Attribution 3.0 from National Radio Astronomy Observatory (NRAO), Associated Universities, Inc. (AUI) and J. M. Uson. Image composition original idea: M. Lepsik. Design (Povray): Emilio J. Juarez-Perez.

Metallacarboranes and their interactions: theoretical insights and their applicability
Metallacarbaboranes (or metallacarboranes) are a class of inorganic polyhedral clusters containing carbon, boron, hydrogen, and metal atoms in various combinations. Metallacarboranes are becoming subject of growing interest to the broad chemical community owing to their unique combination of features and properties including the rigidity of the cages and their relative rotary motion, hydrophobicity, as well as chemical and thermal stability due to delocalized charge. The inclusion of carbon atoms in the boron framework causes a differential reactivity of the cluster with either acidic(carbon-bound) or hydridic (boron-bound) hydrogen atoms.

Metallacarboranes and their interactions: theoretical insights and their applicability

Metallacarbaboranes (or metallacarboranes) are a class of inorganic polyhedral clusters containing carbon, boron, hydrogen, and metal atoms in various combinations. Metallacarboranes are becoming subject of growing interest to the broad chemical community owing to their unique combination of features and properties including the rigidity of the cages and their relative rotary motion, hydrophobicity, as well as chemical and thermal stability due to delocalized charge. The inclusion of carbon atoms in the boron framework causes a differential reactivity of the cluster with either acidic
(carbon-bound) or hydridic (boron-bound) hydrogen atoms.

Synthesis and Characterization of New Fluorescent Styrene-Containing Carborane Derivatives: The Singular Quenching Role of a Phenyl Substituent
 A set of neutral and anionic carborane derivatives in which the styrenyl fragment is introduced as a fluorophore group has been successfully synthesized and characterized. The reaction of the monolithium salts of 1-Ph-1,2-C2B10H11, 1-Me-1,2-C2B10H11 and 1,2-C2B10H12 with one equivalent of 4-vinylbenzyl chloride leads to the formation of compounds 1-3, whereas the reaction of the dilithium salt of 1,2-C2B10H12 with two equivalents of 4-vinylbenzyl chloride gives disubstituted compound 4. The closo clusters were degraded using the classical method, KOH in EtOH, to afford the corresponding nido species, which were isolated as tetramethylammonium salts. The crystal structure of the four closo compounds 1-4 were analyzed by X-ray diffraction. All compounds, except 1, display emission properties, with quantum yields dependent on the nature of the cluster (closo or nido) and the substituent on the second Ccluster atom. In general, closo compounds 2 -4 exhibit high fluorescence emission, whereas the presence of a nido cluster produces a decrease of the emission intensity. The presence of a phenyl group bonded to the Ccluster results in an excellent electron-acceptor unit that produces a quenching of the fluorescence. DFT calculations have confirmed the charge-separation state in 1 to explain the quenching of the fluorescence and the key role of the carboranyl fragment in this luminescent process.

Synthesis and Characterization of New Fluorescent Styrene-Containing Carborane Derivatives: The Singular Quenching Role of a Phenyl Substituent


A set of neutral and anionic carborane derivatives in which the styrenyl fragment is introduced as a fluorophore group has been successfully synthesized and characterized. The reaction of the monolithium salts of 1-Ph-1,2-C2B10H11, 1-Me-1,2-C2B10H11 and 1,2-C2B10H12 with one equivalent of 4-vinylbenzyl chloride leads to the formation of compounds 1-3, whereas the reaction of the dilithium salt of 1,2-C2B10H12 with two equivalents of 4-vinylbenzyl chloride gives disubstituted compound 4. The closo clusters were degraded using the classical method, KOH in EtOH, to afford the corresponding nido species, which were isolated as tetramethylammonium salts. The crystal structure of the four closo compounds 1-4 were analyzed by X-ray diffraction. All compounds, except 1, display emission properties, with quantum yields dependent on the nature of the cluster (closo or nido) and the substituent on the second Ccluster atom. In general, closo compounds 2 -4 exhibit high fluorescence emission, whereas the presence of a nido cluster produces a decrease of the emission intensity. The presence of a phenyl group bonded to the Ccluster results in an excellent electron-acceptor unit that produces a quenching of the fluorescence. DFT calculations have confirmed the charge-separation state in 1 to explain the quenching of the fluorescence and the key role of the carboranyl fragment in this luminescent process.

Grafting of Metallacarboranes onto Self-Assembled Monolayers Deposited on Silicon Wafers
 Amine-, oxyamine-, and isocyanate-terminated self-assembled monolayers were deposited on silicon wafers for reaction with cobaltabisdicarbollide derivatives. The reaction of the isocyanate group with [NMe4][8-NH2-C4H8O2-3,3-Co(1,2-C2B9H10)(1,2-C2B9H11)] gave homogeneous monolayers of cobaltabisdicarbollide moieties covalently linked to the surface.

Grafting of Metallacarboranes onto Self-Assembled Monolayers Deposited on Silicon Wafers


Amine-, oxyamine-, and isocyanate-terminated self-assembled monolayers were deposited on silicon wafers for reaction with cobaltabisdicarbollide derivatives. The reaction of the isocyanate group with [NMe4][8-NH2-C4H8O2-3,3-Co(1,2-C2B9H10)(1,2-C2B9H11)] gave homogeneous monolayers of cobaltabisdicarbollide moieties covalently linked to the surface.

Plantilla Latex para versión en inglés del currículum normalizado del MICINN

Esta plantilla es una modificacion para obtener una plantilla de CV (en inglés) para solicitar la beca Juan de la Cierva (2010).

Los ficheros originales para hacer este CV normalizado del ministerio son de Juan Luis Varona (ver fichero leeme.txt para más información).

Los ficheros cvEnJdC.cls y cv_normalizado_english.tex son una modificación rápida (y fullera) de curriCICT2000.cls para adaptar el CV a la convocatoria Juan de la Cierva 2010. En concreto se ha modificado para el idioma inglés, se ha añadido el logotipo de MICINN para obtener un pdf lo más fiel posible al original, también se han modificado algunas macros del fichero .cls. y también se ha cambiado la fuente que se usa para rellenar los campos.

Para crear tu cv primero asegúrate de que la plantilla compila bien en tu sistema. Luego sigue las instrucciones del fichero .tex.

Bajar plantilla cvEnJdC.

Fuentes de LATEX (Beamer) para una presentación.

Una vez hecha la tesis (ver post anterior) necesitarás presentarla. Para ello usaremos Beamer.

Aquí te puedes descargar las fuentes en latex (main.tex) y el .pdf generado que hice para mi presentación.

Plantilla de LATEX para realizar una tesis doctoral “por compendio de artículos” en la UAB.

Esta plantilla está basada en otra plantilla que encontré en la red: itsas_thesis_template.es.r23.tar.gz.

Las modificaciones que he hecho sobre ella son simples y básicamente he adaptado la plantilla original a los requerimientos del departamento de Química de la UAB.

Instalando LATEX.

Esta primera parte está dedicada a la instalación de LATEX. Si ya lo tienes instalado puedes ir al siguiente apartado donde explico como usar la plantilla.

Mi ordenador tiene Debian 5 (Lenny) aunque los pasos que se exponen a continuación deben ser válidos para toda distro moderna.

Para crear código LATEX que luego compilaremos realmente sólo se necesita un editor de textos tipo “bloc de notas”, sin embargo existen entornos como “kile” muy completos y que facilitan el trabajo de crear documentos en LATEX.

$ sudo aptitude install kile

Tras instalar kile procedemos con la instalación de LATEX. Es recomendable instalar los paquetes que sugiera aptitude,

$sudo aptitude install texlive
$sudo aptitude install texlive-LATEX-extra
$sudo aptitude install texlive-science
$sudo aptitude install texlive-lang-spanish

Además de todo lo instalado anteriormente se necesitan dos paquetes de LATEX que no he podido localizar en paquetes de debian. Sin embargo es sencillo conseguirlos en CTAN. Los paquetes en cuestión son mciteplus y notes2bib:

$wget http://www.ctan.org/get/macros/LATEX/contrib/mciteplus.zip
$wget http://www.ctan.org/get/macros/LATEX/contrib/notes2bib.zip

descomprimimos los .zip

y dentro de la carpeta notes2bib debemos generar el fichero .sty de la siguiente manera:

$latex notes2bib.ins

tras esto llevamos a /usr/share/texmf/tex/latex/ las dos carpetas

$sudo cp -r mciteplus /usr/share/texmf/tex/latex/
$sudo cp -r notes2bib /usr/share/texmf/tex/latex/

finalmente hacemos el “update” de los paquetes de LATEX

$sudo texhash

A continuación abrimos kile y ya estamos listos para utilizarlo. Pero antes, para poder usar correctamente la plantilla de la tesis tenemos que configurar kile para que use de codificación iso-8859-15 en lugar de la utf8 que usa por defecto. Todos los ficheros .tex de esta plantilla están en la primera codificación y se usa \usepackage[latin1]{inputenc} para poner acentos y eñes. Si abrimos un fichero .tex codificado como iso-8859-15 en un kile con utf8 veremos que tildes y eñes han sido sustituidas por símbolos de interrogación. Pero esto no quita que tras compilar y generar el pdf las tildes se vean bien. Settings - configure kile… - editor – open/save y en file format y en encoding seleccionamos iso-8859-15 y guardamos. Ya está todo preparado.

Como usar esta plantilla de LATEX.

Descargamos el fichero TESIS-plantilla.tar.bz2 y lo descomprimimos. La carpeta contiene 18 ficheros tipo .tex, 1 fichero .bib (la bibliografía), una carpeta llamada Config (con ficheros de configuración) y una carpeta donde se guardan las figuras que se vayan a utilizar para la elaboración del documento.

El documento maestro de esta plantilla se llama PRINCIPAL.tex. Podemos abrir este fichero en kile e ir leyendo para ver como está estructurado. Este fichero PRINCIPAL.tex es el que compilaremos para generar el pdf. Mediante órdenes “include” se incorporan a PRINCIPAL.tex el resto de secciones y capítulos (otros ficheros .tex) que formarían la tesis.

La normativa obliga a que este documento tenga algunas partes de obligada inclusión. Básicamente la tesis la conforman los siguientes apartados:

  • 1portada.tex ( portada con logos en ciertas posiciones, título, autor, director…)

  • 2certificado-extra.tex (certificado que exige el departamento)
  • 2certificado.tex (certificado que ponemos en el CSIC, con membrete)
  • 3financiacion.tex (hoja donde se indican las becas…etc)
  • 4agradecimientos.tex (las hojas de agradecimientos)
  • 5prefacio.tex (donde se explica que la tesis es por artículos y se relacionan los que pasaron la comisión)
  • 6figurascompuestos.tex (hojas con los esquemas de los compuestos)
  • 7abreviaturas.tex (hoja de abreviaturas)
  • 8resumen.tex (un resumen de la tesis)
  • 9toc.tex (el indice general, este fichero no hay que rellenarlo con nuestros datos simplemente es un fichero de configuración para generar automáticamente el índice. Con un “include” a este fichero en PRINCIPAL.tex indicamos la posición del índice en la tesis)
  • x1-Introduccion.tex (capítulo con la introducción)
  • x2-Objetivos.tex (capítulo con los objetivos)
  • x3-RYD.tex ( primera hoja indicando el comienzo de Resultados y Discusion)
  • x4cap.tex (primer capítulo de RyD, crear cuantos sean necesarios y hacer un “include” en PRINCIPAL.tex donde corresponda)
  • x7-Conclusion.tex (hojas con las conclusiones
  • x8-Publicaciones-A.tex (las publicaciones que pasen la comisión son un capítulo de la tesis, las otras publicaciones que queramos incluir deben ir en un anexo, ver x9-Publicaciones-B.tex)
  • x9-Publicaciones-B.tex (anexo con otras publicaciones)
  • tesis.bib (este fichero contiene las referencias en formato bibtex, recomiendo JabRef como base de datos para referencias en bibtex)


Una vez fijado PRINCIPAL.tex como documento maestro en kile, generamos el pdf. Si todo fue bien instalado se debería de producir un pdf de unas 60 páginas donde he dejado algunas figuras, una tabla y citas en el texto a modo de ejemplo. Ya sólo queda ir rellenando cada fichero .tex con tu material y una vez compilado obtener un .pdf con la tesis.

La inclusión de los artículos en la tesis merece un inciso especial. Lo más fácil sería una vez obtenido el pdf de la tesis ir “pegando” en ese mismo pdf los artículos, pero esto rompería la paginación, cabeceras, pies de página…El mejor método que encontré para incluirlos en el documento fue deshacer cada pdf con un artículo en sus hojas por separado también en formato .pdf. (recomiendo el paquete pdftk para hacer esto). De esta manera, incluiremos cada hoja de los artículos una a una como si fueran figuras con la orden correspondiente (ver x9-Publicaciones-B.tex por ejemplo) He dejado la primero página de alguno de los artículos para que se entienda el proceso. Cada hoja de cada artículo debe ser guardada en el lugar correspondiente dentro de la carpeta “figuras”.


Generación de tarjetas personalizadas para congresos

En el post anterior se vió como se extraía la información necesaria de documentos .doc. El siguiente script sirve para automatizar la generación de las tarjetas de información (acreditaciones) de los participantes del congreso.

Situacion: Se necesitan imprimir unas 300 tarjetas con el nombre, organización y pais para los participantes de un congreso, acompañantes, staff… unas 300 más o menos.

Este script necesita el paquete imagemagick. Pide de entrada un archivo .csv (o de texto plano) con los siguientes campos separados por comas:PAIS,APELLIDOS,NOMBRE,ORGANIZACION. Luego te pregunta por el modelo de plantilla de acreditación que quieres usar, “staff”, “participante” o “acompañante” si se tuviera que imprimir distintos tipos de acreditaciones.

El resultado es un fichero .png de tamaño folio con 3 acreditaciones “cara” y “reverso” iguales.

#!/bin/bash
#
#
# acredit3.0 por Emilio Juárez
# licencia GPL
# Lee el fichero $INPUT que es un csv separado por comas con
# Pais, Nombre y Apellidos y ORGANIZACION y crea las acreditaciones basadas
# en la plantilla
echo “fichero de lectura?”
read INPUT
echo “tipo de acreditación:”
echo “acomp,staff,part?”
read ACRED
# inicialización de variables.
FONT=/home/ejjuarez/DOCUMENTACION-LINUX/MY-macros-scripts/acreditaciones-imeboron/fuentes/VAGROUN.TTF
COLOR1=’rgb(49,76,97)’
COLOR2=’rgb(253,114,23)’
TARJETAS=$(wc -l < $INPUT)
FOLIOS=$(( $TARJETAS/3 + 1))
#
echo $FOLIOS
# crea carpeta donde van a ir todas las acreditaciones
mkdir /home/ejjuarez/DOCUMENTACION-LINUX/MY-macros-scripts/acreditaciones-imeboron/folios-$INPUT
sed ‘s/ ,/,/g’ $INPUT | sed ‘s/, /,/g’ | sed ‘s/’'’/`/g’ | sed ‘s/,/, /g’ > lista
mv lista /home/ejjuarez/DOCUMENTACION-LINUX/MY-macros-scripts/acreditaciones-imeboron/folios-$INPUT
cd /home/ejjuarez/DOCUMENTACION-LINUX/MY-macros-scripts/acreditaciones-imeboron/folios-$INPUT
#
# crea los folios de las acreditaciones, 3 para cada uno.
NFOLIOS=1
while [ $NFOLIOS -le $FOLIOS ]; do
cp /home/ejjuarez/DOCUMENTACION-LINUX/MY-macros-scripts/acreditaciones-imeboron/$ACRED.png $NFOLIOS.png
let NFOLIOS=$NFOLIOS+1
done
#
#
#
LIMIT=$FOLIOS
for ((NFOLIOS=1; NFOLIOS <= LIMIT ; NFOLIOS++))
do
#nombre $3
convert $NFOLIOS.png -fill $COLOR1 -font $FONT -pointsize 70 -draw “text 110,715 ‘$(awk -F, ‘NR==’3*$NFOLIOS-2’ {print$3}’ lista)’”\
“text 1320,715 ‘$(awk -F, ‘NR==’3*$NFOLIOS-2’ {print$3}’ lista)’”\
“text 110,1630 ‘$(awk -F, ‘NR==’3*$NFOLIOS-1’ {print$3}’ lista)’”\
“text 1320,1630 ‘$(awk -F, ‘NR==’3*$NFOLIOS-1’ {print$3}’ lista)’”\
“text 110,2558 ‘$(awk -F, ‘NR==’3*$NFOLIOS’ {print$3}’ lista)’”\
“text 1320,2558 ‘$(awk -F, ‘NR==’3*$NFOLIOS’ {print$3}’ lista)’” $NFOLIOS.png
#apellidos $2
convert $NFOLIOS.png -fill $COLOR1 -font $FONT -pointsize 124 -draw “text 80,847 ‘$(awk -F, ‘NR==’3*$NFOLIOS-2’ {print$2}’ lista)’”\
“text 1290,847 ‘$(awk -F, ‘NR==’3*$NFOLIOS-2’ {print$2}’ lista)’”\
“text 80,1763 ‘$(awk -F, ‘NR==’3*$NFOLIOS-1’ {print$2}’ lista)’”\
“text 1290,1763 ‘$(awk -F, ‘NR==’3*$NFOLIOS-1’ {print$2}’ lista)’”\
“text 80,2678 ‘$(awk -F, ‘NR==’3*$NFOLIOS’ {print$2}’ lista)’”\
“text 1290,2678 ‘$(awk -F, ‘NR==’3*$NFOLIOS’ {print$2}’ lista)’” $NFOLIOS.png
#pais $1
convert $NFOLIOS.png -fill $COLOR1 -font $FONT -pointsize 94 -draw “text 100,1076 ‘$(awk -F, ‘NR==’3*$NFOLIOS-2’ {print$1}’ lista)’”\
“text 1310,1076 ‘$(awk -F, ‘NR==’3*$NFOLIOS-2’ {print$1}’ lista)’”\
“text 100,1992 ‘$(awk -F, ‘NR==’3*$NFOLIOS-1’ {print$1}’ lista)’”\
“text 1310,1992 ‘$(awk -F, ‘NR==’3*$NFOLIOS-1’ {print$1}’ lista)’”\
“text 100,2908 ‘$(awk -F, ‘NR==’3*$NFOLIOS’ {print$1}’ lista)’”\
“text 1310,2908 ‘$(awk -F, ‘NR==’3*$NFOLIOS’ {print$1}’ lista)’” $NFOLIOS.png
#organización $1
convert $NFOLIOS.png -fill $COLOR2 -font $FONT -pointsize 44 -draw “text 100,958 ‘$(awk -F, ‘NR==’3*$NFOLIOS-2’ {print$4}’ lista)’”\
“text 1310,958 ‘$(awk -F, ‘NR==’3*$NFOLIOS-2’ {print$4}’ lista)’”\
“text 100,1874 ‘$(awk -F, ‘NR==’3*$NFOLIOS-1’ {print$4}’ lista)’”\
“text 1310,1874 ‘$(awk -F, ‘NR==’3*$NFOLIOS-1’ {print$4}’ lista)’”\
“text 100,2790 ‘$(awk -F, ‘NR==’3*$NFOLIOS’ {print$4}’ lista)’”\
“text 1310,2790 ‘$(awk -F, ‘NR==’3*$NFOLIOS’ {print$4}’ lista)’” $NFOLIOS.png
echo “numero de folio=$NFOLIOS”
done

En la figura de abajo se puede ver el resultado, las dimensiones son aproximadamente 8x10 cm: